Πεδία έρευνας της φυτοπαθολογικής μυκητολογίας αποτελούν η μελέτη ενδημικών και νέων αναδυόμενων μυκητολογικών ασθενειών των φυτών, η ανάπτυξη καινοτόμων διαγνωστικών μεθόδων με τη συνδυαστική χρήση διεπιστημονικών τεχνολογιών, η μελέτη της πληθυσμιακής δομής, των στοιχείων βιολογίας, φυσιολογίας, γενετικής και επιδημιολογίας των φυτοπαθογόνων μυκήτων.Επίσης, διερευνάται η αλληλεπίδρασης των φυτοπαθογόνων μυκήτων με τα φυτά-ξενιστές και το περιβάλλον για την κατανόηση των μηχανισμών παθογένεσης, αμύνης και αναγνώρισης. Επιπροσθέτως, πραγματοποιείται αξιολόγηση μεθόδων διαχείρισης των ασθενειών που αφορούν στην αξιοποίηση ανθεκτικών γονοτύπων φυτών, βιολογικών παραγόντων, αλλά και στη βελτιστοποίηση ήδη υπαρχόντων μέσων, μέσω της διαχείρισης της ανθεκτικότητας των φυτοπαθογόνων μυκήτων στα χημικά σκευάσματα.
