Το Εργαστήριο Νηματωδολογίας έχει αντικείμενο την μελέτη της βιολογίας και ολοκληρωμένης καταπολέμησης φυτοπαρασιτικών νηματωδών σε σημαντικές καλλιέργειες της Κρήτης όπως κηπευτικά, πατάτα, αμπέλι, μπανάνα κλπ. Επιπλέον, διάγνωση νηματωδολογικών προβλημάτων γίνεται και σε άλλες καλλιέργειες είτε ετήσιες (πχ καλαμπόκι, σόγια) ή πολυετείς (πχ εσπεριδοειδή και άλλα δενδρώδη, αρωματικά και φαρμακευτικά φυτά). Στις περιπτώσεις που κρίνεται αναγκαία, η ταυτοποίηση των νηματωδών σε είδος με την εφαρμογή μοριακών/βιοχημικών μεθόδων γίνεται από συνεργαζόμενα ινστιτούτα στο εξωτερικό. Επιπλέον σε συνεργασία με εργαστήρια του Ινστιτούτου μελετάται η επίδραση της προσβολής των νηματωδών στην φυσιολογία των φυτών καθώς και η αλληλεπίδραση νηματωδών με φυτοπαθογόνους μύκητες.
